1969/1970 regte Pfefferkorn an, mit der inzwischen eingeübten REM-Mannschaft des Instituts auch die Schulung auswärtiger Interessenten und die Ausbildung neu eingestellter „Operateure“ aus Industrie- und Forschungslaboratorien zu übernehmen. So fand der erste Kursus in Münster statt, der zunächst für 40 Teilnehmer konzipiert war. Es meldeten sich jedoch doppelt so viele Interessenten. Schwierigkeiten mit der korrekten Abrechnung der Gebühreneinnahmen und den damit verbundenen Aufwendungen führten zu der Idee, die AEO als Trägerverein zu wählen, da diese ja die Ausbildungsförderung in ihrer Satzung verankert hat. Dadurch bekam die AEO einen neuen Impuls, und ihre Auflösung konnte verhindert werden. Die AEO veranstaltete seit 1995 gemeinsam mit dem Verein zur Förderung der wissenschaftlichen Weiterbildung in Kooperation mit der Westfälischen-Wilhelms-Universität Münster e.V. die Aus- und Weiterbildung von Nachwuchskräften auf den inzwischen stark ausgeweiteten Sachgebieten der Rasterelektronenmikroskopie und der Mikrobereichsanalyse. Die regelmäßig stattfindenden allgemeinen und speziellen Lehrgänge werden mittlerweile durch die Akademie für Elektronenmikroskopie und Analytik gGmbH angeboten.